Continuação dos eventos da temporada anterior, um ano depois.
Esta série anime relata a história de um rapaz chamado Mikey Kudo que, juntamente com os seus amigos, vai parar ao Mundo Digital onde encontra Shoutmon e os seus amigos Digimon.
Munido de uma digi ferramenta conhecida como Fusion Loader, Mikey é capaz de fundir múltiplos Digimon em um só para melhorar o seu poder, tendo Shoutmon como núcleo comum da combinação e usando uma técnica conhecida como ''DIGIFUSION''.
Formando agora a Equipa Fusion Heart, Mikey, Shoutmon e os amigos viajam através do Mundo Digital para o libertar do maléfico Exército Bagra, liderado por Bagramon, e Twilight, um grupo maléfico dirigido por DarkKnightmon com Nene como uma figura principal, antes de se juntar à equipa Fusion Heart. |